Por padrão, o Google Agenda usa o que o Google chama de "alertas interruptivos", o que basicamente significa que ele permite que o calendário desvie o foco usando uma janela pop-up para mostrar uma notificação. Embora às vezes seja legal, também pode ser muito chato se você estiver fazendo outra coisa, como digitar, por exemplo.
Para alterar essa configuração, clique no ícone de roda dentada logo abaixo da sua imagem de perfil na aplicação Web do Google Agenda e, em seguida, escolha "Configurações".